Weltweit kämpften Amateure und Wissenschaftler gegen den Plan, die Grube Messel als Mülllagerstätte zu verwenden. Heute ist sie UNESCO Weltnaturerbe.
Bereits Mitte des letzten Jahrhunderts wurde der Ölschiefer in der Grube Messel gebrochen und in einer Kalksteinfirma verbrannt. Schon damals entdeckte man die Fossilien, konnte sie aber wegen der Bergfeuchte kaum präparieren. Es wurde versucht, die Präparation mit einem Wachsaustauschverfahren durchzuführen. Das war teuer, und es gelang nur selten. Außerdem gingen die Feinheiten der Fossilien verloren. Im Landesmuseum Darmstadt kann man auch solche Fossilien sehen.
Anfang der 70-ger Jahre, bevor die Grube für die Öffentlichkeit gesperrt wurde, haben viele Privatsammler dort gegraben. Diese haben auch die Präparation mit Kunstharz weiterentwickelt. Besonders hervorzuheben ist da der Sammler Otto Feist aus Mühltal. Dieser hat in den wenigen Jahren, die die Grube zugänglich war, eine herausragende Sammlung zusammengetragen. Er war auch in der Bürgerinitiative aktiv, die eine Umwandlung in eine Mülldeponie verhindern wollte.
Cyclurus kehreri
Dieser Schlammfisch ist die in Messel am häufigsten gefundene Fischart. Er hat noch lebende Verwandtschaft in Nordamerika. Auch im Eözän der Green River Formation kommen Schlammfische vor, sie sind aber dort relativ selten zu finden. Schlammfische sind in der Lage, auch bei schlechten Bedinungen (Sauerstoffmangel ) zu überleben. Dieser Fisch hieß früher Amia kerhreri. Nach neusten Untersuchungen wurde Amia in Cyclurus geändert.
Thaumaturus intermedius
Dieser Fisch ist die kleinste Fischart in Messel. Er galt früher als zu den Lachsen gehörig. Neuste Untersuchungen haben jedoch anderes ergeben. Er wird heute an die Basis der höheren Knochenfische gestellt, wobei seine endgültige Einordnung noch nicht gesichert ist. Er ist mit 3-6 cm Länge ein ziemlich seltener Fund.
Messelbarsche
Die Barsche von Messel sind in ihrer Artbestimmung nicht einfach. Das abgebildete Tier galt früher als Amphiperca multiformis. Diese Artbezeichnung ist heute nicht mehr aufrecht zu erhalten. Auf Grund neuerer Forschungen hat man mehrere Barscharten in Messel erkannt. Diese Arten unterscheiden sich bis auf Ausnahmen nur gering. Mit der Artbezeichnung Amphieperca sp. ist man auf der sicheren Seite. Barsche werden in Messel relativ selten gefunden. Auch wurde ein horizontale Häufung der verschiedenen Arten erkannt.
Atractosteus strausi
Dieser Knochenhecht hat wie auch der Schlammfisch noch Überlebende in Nordamerika. Auch er wurde ganz selten in der Green River Formation gefunden. Der Knochenhecht in Messel hat Ähnlichkeit mit einem Krokodil. Von diesem Fisch sind Exemplare von über einem Meter Länge bekannt. Auf Grund seiner Ganoidschuppen ist er sehr leicht zu erkennen. Die lange knochige Schnauze findet man auch nur bei diesem Hecht. Die Schwanzflosse ähnelt der des Schlammfisches und deutet auch auf die Verwandtschaft der beiden Arten.
Weitere Funde
Als weitere Fischart wurde auch ein Aal gefunden. Dieser aber nur als Einzelfund. Er deutet aber darauf hin, dass der Messeler See Anschluss an andere Gewässer hatte. Bekannt ist Messel aber in erster Linie durch seine artenreichen Säugertier-Funde. Dazu gehören auch Primaten, die in kaum einer anderen Fundstelle anzutreffen sind. Bei den Reptilien sind Krokodile, Schildkröten und Schlangen zu nennen. Fledermäuse gehören auch zu den großen Raritäten. Messel ist also zu Recht ein Weltnaturerbe.