Schmelzwasserfreisetzung und Landhebung machten die Ostsee innerhalb von 10.000 Jahren sowohl zu einem marinen als auch zu einem limnischen (Süßwasser) Lebensraum.
Ähnlich den Großen Seen Nordamerikas, kann man die Ostsee als einen riesigen Zungenbeckensee auffassen. Noch vor etwa ca. 22.000 Jahren reichte die Maximalausdehnung des skandinavischen Inlandeises auf dem Gebiet des heutigen Deutschlands in einer Linie über den Osten Schleswig- Holsteins über Havelberg bis Luckenwalde (ca. 50 km südlich von Berlin). Vor etwa 13.000 Jahren lag Skandinavien noch unter einem bis zu 2000 m mächtigen Eispanzer. Der Meeresspiegel lag daher ca. 100 m tiefer als heute, auch die Erdkruste gab der ungeheuren Eislast um einige 100 m nach. So wurde die jüngste Geschichte der Ostsee, durch einerseits frei werdendes Schmelzwasser (eustatischer Meeresspiegelanstieg) und der Ausgleichsbewegung der entlasteten Erdkruste (isostatisch), zeitlich versetzt, geprägt. Die sich von den Zentren zu den Rändern verlangsamende Hebung Skandinaviens betrug in den letzten 1000 Jahren um die 4 m. Dieser Trend hält immer noch an. Das Zentrum dieser Ausgleichsbewegung liegt heute in NO-Schweden und in Nord-Finnland. Hebungsbeträge von einigen Dekametern werden noch erwartet.
Baltischer Eissee
Vor ca. 12.000-15.000 Jahren führte ein endgültiger Klimaumschwung zu einer beträchtlichen Ansammlung von Schmelzwasser in verschieden Becken, die sich schließlich vereinigten. Im Südwesten, also etwa vor Ystad/Trelleborg, verblieb ein isoliertes Becken. Die Wassertemperaturen waren sehr niedrig und mächtige Bändertone wurden abgelagert. Schwellen auf dem Gebiet der heutigen dänischen Inseln trennten den Baltischen Eissee vom offenen Meer, dessen Spiegel noch wesentlich tiefer lag. Überschüssige Wassermassen konnten hauptsächlich über das heutige Finnland ins Weiße Meer abfließen.
Yoldia-Meer
Vor ca. 10.000 Jahren wurde die Mittelschwedische Senke zwischen Göteborg und Stockholm eisfrei. Der Baltische Eissee floss nach Durchbrüchen, die ein gigantisches Ausmaß gehabt haben müssen, nahezu vollständig ab. Die Angleichung mit dem Meeresspiegel, welcher ca. 30 m unter dem heutigen Niveau lag, erlaubte nun den Einstrom von Meerwasser über die breite Mittelschwedische Senke, aus westlicher Richtung. Dadurch konnten sich vor allem marine Arten ausbreiteten. Von der heutigen Nordspitze Jütlands reichte das Yoldia-Meer im SW etwa von Bornholm bis zum Ladogasee. Das heutige Dänemark, einschließlich der Beltsee, war noch Festland. Die Namensgebende Art ist die dickschalige Muschel Portlandia arctica, die früher den Gattungsnamen Yoldia trug. Allerdings wurde durch den Ständigen Schmelzwasserzufluss mit zunehmender Entfernung zur Pforte der heutigen Mittelschwedischen Senke das Wasser zunehmend brackiger. Über einige finnische Seen bestand eine Verbindung zum Weißen Meer, was sich heute noch in einer Reliktfauna in Form Süßwasser-toleranter planktischer Krebse widerspiegelt. Durch die Landhebung wurden diese Seen von der Ostsee abgetrennt.
Ancylus-See
Nach dem Freiwerden großer Schmelzwassermassen wurde zeitverzögert die Landhebung auf Grund der Eisentlastung zunehmend wirksam. Die Differenz des Entgegenwirkens dieser Prozesse bestimmt(e) die Küstenverschiebung. Vor ca. 9.000 Jahren wurde das Yoldia-Meer langsam vom Ozean abgeschnitten. Mit dem nun dominierenden Schmelzwassserzufluss süßte das Meer aus und erweiterte sich nach Süden. Der Wasseraustausch über die Mittelschwedische Senke verringerte sich zunehmend, um dann gänzlich unterbrochen zu werden. Die Fauna wurde vor allem durch die kleine Napfschneckenart Ancylus fluviatilis charakterisiert.
Littorina-Meer
Zwischen ca. 8.000 bis 2.000 Jahren vor heute führte eine lang anhaltende Warmphase, beginnend mit einem schnellen Meeresspiegelanstieg, zu einer Angleichung mit dem heutigen Meeresspiegelniveau. Die Eismassen verschwanden in dieser Zeit aus Skandinavien nahezu vollständig. Anfänglich stellte eine schnelle Überflutung der heutigen Belte eine breitere Meeranbindung her als gegenwärtig. Die Namensgebende MeeresschneckeLittorina littorea war bis in den Finnischen Meerbusen verbreitet. Heute ist sie nur bis Bornholm zu finden. Die gegenwärtige immer noch anhaltende Landhebung Skandinaviens führte zu einer Verkleinerung der Meereszugänge, und mit der Halbierung des Salzgehaltes zu den Charakteristika der heutigen Ostseehydrographie. So kamen im Bereich der Kieler Bucht und Mecklenburger Bucht Austern vor. Im Vergleich zu littorinen Muscheln sind die heutigen aufgrund des geringeren Salzgehaltes von kleinerem Wuchs. Zeugen der etwas größeren Ausdehnung des Littorina-Meeres lassen sich im Bereich der nordöstlichen Ostsee finden. Heute weit im Binnenland liegende Strandwälle zeigen den littorinen Küstenverlauf an. Eine auf gleichen Ursachen beruhende Hebung des Kanadischen Schildes lässt etwa auch östlich und westlich der Hudson Bay eine Chronologie der heute weit im Binnenland verlaufenden Strandterrassen zu. Bis ins 12 Jh. wird mit der zunehmenden Aussüßung der Ostsee noch eine kleinere Phase ausgehalten, die sich mit der zurückziehenden, marinen Fauna und dem Vordringen der Süßwasserschnecke Limneae ovata, Limnaea-Meer nennt.
Mya arenaria-Meer oder wie die Ostsee heute heißt
Wohl jedem ist sie, besonders an den Sandstränden der Ostsee, begegnet. Neben anderen Arten fallen häufig die großen, weißen Schalen der im Sediment lebenden Sandklaffmuschel im Spülsaum ins Auge. So ist sie heute überall verbreitet, die Namensgebende Art der gegenwärtigen Ostsee. Da die Landhebungen besonders an der Küste des nördlichen Bottnischen Meerbusen noch anhalten, zieht sie sich tendenziell aus dem Norden zurück, um sich südlich weiter auszubreiten.